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バイオインフォマティックス [wikipedia.org]なんかだとパターンマッチング操作が重視されるのでPerlなんかが広く使われているんですけどね.
理科学領域でのコンピュータ利用というと, 即数値計算に向かっちゃうところが頭が固いというか.
データベース的な利用や統計処理、画像解析などがありますよ。
私も大学の演習ではFORTRANをやりましたが、プログラミングがどういうものかを教えるのには良いと思います。専門を始めて、別の言語を学ぶ必要が出てくる可能性は大いにありますが、FORTRANをやったという経験は少しは足しになると思いますし、言語固有のプログラミングテクニックが少ない分、新しい言語を受け入れることも容易だと思います。
CやJavaをやっている人は、「何でPascalなんだ」とか、「何で、Cobolなんだ」とか、「何で、Fortranなんだ」とぼやきますが、CやJavaを最初に学ぶことの最大の短所はそこにあります。CやJavaが他の言語よりも上位だと思ってしまって、他の言語に移行できないのです。
分野によっては、最初からCでもいいのでしょうが、コンピュータそのものが研究対象でなければ、道具としての利用なので、Fortranあたりが習得したテクニックで無駄になるものが少ないように思います。その代わり、元々、プログラミングができる人には得るものは少ないでしょう。
私の場合は、小中学生時代に覚えたBASICより、大学で学んだFORTRANの方が役に立つということはありませんでした。
>>理科学領域でのコンピュータ利用というと, 即数値計算に向かっちゃうところが頭が固いというか.>データベース的な利用や統計処理、画像解析などがありますよ。
数値計算であれば、たとえば物理屋や化学屋が『片手間』にFORTRANプログラムを弄ったりできるかもしれないし、ちょっとした統計くらいなら表計算ソフトや関数電卓を使うという手もある。でも画像解析とか、或いはもっともっと高度な処理をやろうとすると、さすがに手に余るのではないかなあ。
情報系でも、その道を専門にするのでないと、ちょっと厳しい気がする。だから、たとえば物理屋がFORTRANを学ぶ目的が
> 数値計算であれば、たとえば物理屋や化学屋が『片手間』にFORTRANプログラムを弄ったりできるかもしれないし、
その道の数値計算は片手間にできるようなものではありません。モデルをつくりアルゴリズムを考えコードまで書くのが普通ですが、領域固有の知識や誤差についての洞察が不可欠ですから、非専門のプログラマを連れてきて代わりにコードを書いてもらうわけにはいかないのです。
情報系について言えば、私は若い頃(学部修士レベル)にいろんな言語に触れることには反対です。各言語のクセなどで本質を見失うことも多く、往々にして効率が悪くなるものです。プログラミング言語論で言えば、C++だJavaだHaskellだとつまみ食いするよりも、Schemeで自身のインタプリタ・コンパイラ、リフレクション、型推論、オブジェクトシステムなどを実装するほうが身に付くものがずっと多いですね。
Perlは歴史的経緯もあり、確かにバイオインフォマティクスで広く使われている言語ですが、最近はそれだけにとどまりません。それは、生物学で扱う計算機上のデータの多様化も理由の一つです。シーケンスデータ(文字列)から、タンパク質の立体構造(三次元座標データ)、パスウェイ(グラフ)、マイクロアレイ(巨大な数値テーブル)、タンパク質相互作用(グラフ)など、生物学で扱うべきデータはどんどん多様化しています。
マイクロアレイデータの解析を行なう人なら、Bioconductorを利用するためにRをメインのプログラミング環境にしている
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UNIXはシンプルである。必要なのはそのシンプルさを理解する素質だけである -- Dennis Ritchie
ここに生物屋はいないのか? (スコア:1)
バイオインフォマティックス [wikipedia.org]なんかだとパターンマッチング操作が重視されるのでPerlなんかが広く使われているんですけどね.
理科学領域でのコンピュータ利用というと, 即数値計算に向かっちゃうところが頭が固いというか.
Re:ここに生物屋はいないのか? (スコア:1)
データベース的な利用や統計処理、画像解析などがありますよ。
私も大学の演習ではFORTRANをやりましたが、プログラミングがどういうものかを教えるのには良いと思います。専門を始めて、別の言語を学ぶ必要が出てくる可能性は大いにありますが、FORTRANをやったという経験は少しは足しになると思いますし、言語固有のプログラミングテクニックが少ない分、新しい言語を受け入れることも容易だと思います。
CやJavaをやっている人は、「何でPascalなんだ」とか、「何で、Cobolなんだ」とか、「何で、Fortranなんだ」とぼやきますが、CやJavaを最初に学ぶことの最大の短所はそこにあります。CやJavaが他の言語よりも上位だと思ってしまって、他の言語に移行できないのです。
分野によっては、最初からCでもいいのでしょうが、コンピュータそのものが研究対象でなければ、道具としての利用なので、Fortranあたりが習得したテクニックで無駄になるものが少ないように思います。その代わり、元々、プログラミングができる人には得るものは少ないでしょう。
私の場合は、小中学生時代に覚えたBASICより、大学で学んだFORTRANの方が役に立つということはありませんでした。
Re: (スコア:0)
>>理科学領域でのコンピュータ利用というと, 即数値計算に向かっちゃうところが頭が固いというか.
>データベース的な利用や統計処理、画像解析などがありますよ。
数値計算であれば、たとえば物理屋や化学屋が『片手間』にFORTRANプログラムを弄ったり
できるかもしれないし、ちょっとした統計くらいなら表計算ソフトや関数電卓を使うという
手もある。でも画像解析とか、或いはもっともっと高度な処理をやろうとすると、さすがに
手に余るのではないかなあ。
情報系でも、その道を専門にするのでないと、ちょっと厳しい気がする。だから、たとえば
物理屋がFORTRANを学ぶ目的が
Re:ここに生物屋はいないのか? (スコア:1)
ですので、それほど敷居の高い話ではありません。それぞれ専用のソフトがあって、一からプログラムを書かないといけない場面というのは、ほとんどありません。ただ、マクロを書くことはあります。隣の研究室は、NIH Imageという画像解析ソフトのマクロを書いてました。Pascal風の言語らしいのですが、今はImageJという代替のソフトが出てきているようで、Javaで書かれていて、マクロもJavaっぽいです。
でも、どちらにしろ、FORTRANを使ったことがあって、手続き型のプログラミングができるのであれば、問題ないように思えます。後はセンスの問題。
Re: (スコア:0)
> 数値計算であれば、たとえば物理屋や化学屋が『片手間』にFORTRANプログラムを弄ったりできるかもしれないし、
その道の数値計算は片手間にできるようなものではありません。
モデルをつくりアルゴリズムを考えコードまで書くのが普通ですが、領域固有の知識や誤差についての洞察が不可欠ですから、非専門のプログラマを連れてきて代わりにコードを書いてもらうわけにはいかないのです。
情報系について言えば、私は若い頃(学部修士レベル)にいろんな言語に触れることには反対です。各言語のクセなどで本質を見失うことも多く、往々にして効率が悪くなるものです。
プログラミング言語論で言えば、C++だJavaだHaskellだとつまみ食いするよりも、Schemeで自身のインタプリタ・コンパイラ、リフレクション、型推論、オブジェクトシステムなどを実装するほうが身に付くものがずっと多いですね。
Re: (スコア:0)
Re: (スコア:0)
Perlは歴史的経緯もあり、確かにバイオインフォマティクスで広く使われている言語ですが、
最近はそれだけにとどまりません。それは、生物学で扱う計算機上のデータの多様化も理由の
一つです。シーケンスデータ(文字列)から、タンパク質の立体構造(三次元座標データ)、
パスウェイ(グラフ)、マイクロアレイ(巨大な数値テーブル)、タンパク質相互作用(グ
ラフ)など、生物学で扱うべきデータはどんどん多様化しています。
マイクロアレイデータの解析を行なう人なら、Bioconductorを利用するためにRをメインの
プログラミング環境にしている